Prosegue, quindi, la carriera accademica dopo essere stato allievo di Rosario Nicolò, e ha modo di insegnare Diritto Civile negli atenei di Macerata e Genova, oltre che alla Sapienza. Sin dai primi anni Sessanta, inoltre, si rivela molto produttivo a livello di pubblicazioni: tra le altre si segnalano "Il problema della responsabilità civile" e "Le fonti di integrazione del contratto", per Giuffrè, e "Il diritto privato nella società moderna" e "Il controllo sociale delle attività private", per Il Mulino.

Dopo aver fatto parte del Partito Radicale ai tempi di Mario Pannunzio, nel 1976 e nel 1979 rifiuta la candidatura in Parlamento offertagli da Marco Pannella. Nello stesso 1979, comunque, viene eletto deputato, ma come indipendente nelle liste del Pci. In occasione della sua prima legislatura fa parte della Commissione Affari Costituzionali, ma soprattutto della Commissione Parlamentare d'Inchiesta che deve indagare sul sequestro di Aldo Moro, sul suo assassinio e sulla strage di via Fani, mentre dopo il 1983 (rieletto in Parlamento) diviene presidente del Gruppo Parlamentare della Sinistra Indipendente e membro dell'Assemblea Parlamentare del Consiglio d'Europa.

Nel 1987 Stefano Rodotà viene eletto nuovamente: fa ancora parte della Commissione Affari Costituzionali, ma anche della prima Commissione Bicamerale per le Riforme Istituzionali. Nominato dal Partito Comunista Italiano Ministro della Giustizia nel governo ombra voluto da Occhetto nel 1989 (anno in cui viene eletto al Parlamento Europeo), sceglie in seguito di aderire al Pds, il Partito Democratico della Sinistra, di cui è il primo presidente.

Tra le file del Pds, dunque, torna in Parlamento nell'aprile del 1992: in questa occasione entra a far parte della Commissione Bicamerale e viene scelto come vice-presidente della Camera. Il "suo" presidente, invece, è Oscar Luigi Scalfaro, che nel maggio di quell'anno viene eletto Presidente della Repubblica: è proprio Rodotà a leggere i voti che proclamano Scalfaro nuovo titolare del Quirinale.

Nello stesso anno pubblica, tra l'altro, "Repertorio di fine secolo", per Laterza, mentre per lo stesso editore l'anno successivo dà alle stampe "Questioni di bioetica". Il politico calabrese sceglie di non ricandidarsi al termine della legislatura, conclusasi dopo soli due anni, e torna a insegnare all'università. Nel 1997 Stefano Rodotà diventa il primo presidente dell'Authority per la Privacy (Autorità Garante per la Protezione dei Dati Personali), mentre l'anno successivo prende in carico la presidenza del Gruppo di Coordinamento dei Garanti per il diritto alla riservatezza della Ue: la abbandonerà nel 2002.

Nel frattempo, ha modo di proseguire i suoi studi: scrive "Tecnologie e diritti", per Il Mulino, mentre con Donzelli pubblica "Libertà e diritti in Italia. Dall'Unità ai giorni nostri".

Divenuto direttore, nel 2008, del Festival del diritto di Piacenza, e insignito nello stesso anno della cittadinanza onoraria di Rossano, riceve l'International Privacy Champion Award nel 2009, assegnatogli dall'Electronic Privacy Information Center di Washington, negli Stati Uniti. L'anno seguente Rodotà propone all'Internet Governance Forum di portare l'adozione dell'articolo 21bis in Commissione Affari Costituzionali: tale articolo sancisce il diritto di tutti i cittadini ad avere accesso alla rete Internet con modalità adeguate dal punto di vista tecnologico, senza differenze sociali ed economiche.

Sempre nel 2010, pubblica per Sossella "Che cos'è il corpo", e nel "Trattato di biodiritto" di Giuffré l'intervento "Il nuovo habeas corpus: la persona costituzionalizzata e la sua autodeterminazione".

L'anno successivo, invece, dà alle stampe per Donzelli "Diritti e libertà nella storia d'Italia. Conquiste e conflitti 1861-2011", e per Laterza "Elogio del moralismo". Dopo aver pubblicato, ancora con Laterza, "Il diritto di avere diritti" nel 2012, Stefano Rodotà nel 2013 viene considerato uno dei candidati più seri alla successione di Giorgio Napolitano come Presidente della Repubblica.

Fratello dell'ingegnere Antonio Rodotà e padre di Maria Luisa Rodotà, giornalista del "Corriere della Sera", Stefano Rodotà fa parte del Centro Nexa su Internet e Società del Politecnico di Torino, ed è presidente del consiglio d'amministrazione dell'International University College del capoluogo piemontese. Titolare di lauree honoris causa assegnategli dall'Università di Macerata e dall'Université "Michel de Montaigne" di Bordeaux, è stato, tra l'altro, insegnante in India, Australia, Canada, America Latina e Francia, e attualmente (è stato) è uno dei membri del comitato dei garanti di Biennale Democrazia.